La cofradía disfruta, desde octubre de 1993, de una nueva sede canónica en la iglesia del Real Monasterio de San Quirce y Santa Julita, sita en la Pza. de la Trinidad.
En el interior del templo pueden admirarse las imágenes devocionales y algunos lienzos propiedad de la penitencial.
Anteriormente la cofradía fue propietaria de la Iglesia Penitencial de la Pasión, que construyó en 1581 junto a la Plaza Mayor, en la calle que aún hoy se denomina «Calle de la Pasión» en honor al nombre de la cofradía, declarada en ruina en 1926, hoy es la «Sala municipal de exposiciones de la Pasión».
Tras la salida de la que era su iglesia, y hasta su llegada a la actual sede canónica, la hermandad se estableció sucesivamente en la iglesia de San Felipe Neri, el Santuario Nacional de la Gran Promesa y, desde 1953 hasta 1993, en la iglesia parroquial de Santa María Magdalena.