A lo largo de sus casi quinientos años de historia, tres son los patronazgos que ha tomado nuestra cofradía.
San Juan Bautista Degollado
El 16 de junio de 1576, la Cofradía Penitencial de la Sagrada Pasión de Cristo se agregaba a la Venerable Compañía de San Juan Bautista Degollado, llamada de la Misericordia, de la Ciudad de Roma, (Arciconfraternita di San Giovanni Decollato detta de la Misericordia de la Nazione Fiorentina in Roma), en virtud de esa agregación, nuestra cofradía tomó parte de las bulas, gracias, indulgencias, exenciones y privilegios de la cofradía romana, por concesión del Papa Paulo III.
Al igual que la cofradía romana, nuestra hermandad tiene como Patrón a San Juan Bautista Degollado.
La cofradía ha celebrado históricamente la festividad de la degollación de Juan el Bautista, el 29 de agosto, con grandes fastos, incluso como anécdota, podemos decir que según un documento encontrado por el investigador vallisoletano D. Anastasio Rojo, el primer testimonio escrito en que aparece reglamentado como debe de ser una lidia de toros, es un contrato del 29 de agosto de 1663 en el que el hermano de la Cofradía de la Pasión encargado de la corrida, contrata a tres profesionales para que participen en Valladolid «…en la plaza mayor toreyando, haciendo suertes de a pie, poniendo banderillas a los toros según se ha hecho en otras fiestas…».
Hoy en dia, la cofradía honra a su patrón todos los 29 de agosto con una Solemne Misa, presidida por una talla obra de Andrés de Rada y policromada por Juan Díez en 1579.
Ntra. Madre y Sra. María Santísima de la Pasión
Otro de los patronazgos de la cofradía es el de Ntra. Madre y Sra. María Santísima de la Pasión.
De la importancia que la Virgen de la Pasión tuvo siempre en el devenir devocional de nuestra cofradía es claro ejemplo no sólo que la imagen tallada por Francisco Giralte presidiera el retablo mayor de la iglesia de la Pasión, o que fuera el centro de las devociones de la Comisaría de Paz y Caridad (una de las que integraban la hermandad), sino incluso en el hecho de que en algunos documentos o citas de personajes históricos, se llegue a citar a la cofradía como «Cofradía de Ntra. Sra. de la Pasión» o «Cofradía de Ntra. Sra de la Pasión y Muerte de Ntro. Señor Jesucristo».
Hoy en día, la cofradía consagra a María Santísima de la Pasión una eucaristía el 15 de septiembre, además de un triduo, procesión y besamanos en el mes de octubre.
San Rafael Arnaiz Barón
El tercero de los patronazgos de la cofradía es el de San Rafael Arnaiz Barón.
La particular relación de nuestra cofradía con la orden del Císter nos llevó a conocer la figura del oblato Rafael Arnaiz Barón, quien fue tomado como patrón de nuestra penitencial en el año 2000.
El hermano Rafael Arnaiz fue canonizado por Su Santidad Benedicto XVI el 11 de octubre de 2009, en una ceremonia que se desarrolló en la Basílica de San Pedro del Vaticano.
Como no podía ser de otra manera, nuestra cofradía quiso celebrar de forma especial esta efeméride y por ello colaboró con la Abadía de San Isidro de Dueñas (Abadía donde el hermano Rafael desarrolló su vida monástica), en el viaje de peregrinación a Roma que se organizó con este fin. Hasta allí se desplazaron un grupo de nuestros cofrades en los que estaban incluidos algunos oficiales del Cabildo de Gobierno, además, el 18 de octubre, celebramos en nuestra sede de la iglesia del Real Monasterio de San Quirce y Santa Julita, una Misa Solemne en Acción de Gracias por la canonización de nuestro patrón.
La cofradía conmemora la festividad de San Rafael Arnaiz todos los 26 de abril con una Santa Misa, a cuyo término se venera la reliquia del santo que posee la hermandad, y que además cada Jueves y Viernes Santo procesiona colocada en el frontal de las andas del Santísimo Cristo del Perdón, imagen titular de la cofradía.